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大樱桃与一般果树根系一样，大樱桃的根系按其来源也可以分为实生根系、茎源根系和糵根根系。实生根系是指由种子的胚根发育而来的根系。实生根系一般主根发达，根系分布深广，生命力强，抗逆性强，但个体间往往有差别，易造成树体大小不一。甜樱桃砧木中的东北山樱、中国草樱、马哈利樱桃等多采取种子繁殖，用这些砧木嫁接获得的苗木即具有生命根系。茎园根系是指通过扦插、压条、组织培养获得砧木再嫁接甜樱桃品种的苗木所具有的根系。茎园根系是由茎上的不定根发育而来，一般无主根，分布较浅，细跟多，生命力较弱，对条件的适应性不如实生根系，但由于是采用无性繁殖，来源于同一个母本，个体间差异较小，建园后植株生长发育整齐。甜樱桃砧木中的大青叶多为压条繁殖，中国草樱亦可压条，考特、吉塞拉等则常采取组织培养和扦插法繁殖，以此为砧木的嫁接苗即具有茎源根系。跟段上或根颈附近的不定芽萌发长成根蘖苗，其根系即为跟糵根系。跟糵根系的特点类似于茎园根系，但往往不对称。利用根蘖苗作砧木时，较好归圃一年。甜樱桃砧木中的中国草樱常采取分株繁殖，以此为砧木的嫁接苗即具有跟糵根系。

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